个人简介
刘艺斌，金沙9170登录线路教授、博士生导师。2010年和2015年于北京大学化学与分子工程学院分别获得学士和博士学位，导师为赵美萍教授。2015年在哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所从事博士后研究，在COLD-PCR技术发明人Mike Makrigiorgos教授指导下开发出富集检测癌症相关的低丰度DNA突变以及异常甲基化的方法。2017年至2020年在牛津大学Nuffield医学院Ludwig癌症研究所宋春啸课题组担任博士后研究员，开发出新的单碱基分辨率、非重亚硫酸盐的DNA甲基化测序方法TAPS，用于临床肿瘤样本及血浆游离DNA的全基因组甲基化和羟甲基化修饰的分析。作为共同创始人在牛津大学科研转化平台上创建了癌症早筛公司Base Genomics，被行业领军企业Exact Sciences收购。共发表学术论文16余篇，被引用430余次。其中第一作者论文发表在Nature biotechnology、Nucleic acids research、Nature communications、 Genome biology等国际知名期刊。入选国家海外高层次人才引进青年项目以及金沙9170登录线路泰康生命医学中心PI，2022 年10 月入职金沙9170登录线路。本课题组长期招收博士后、博士生及硕士生，欢迎感兴趣的同学加入。
教育经历
2006.9-2010.7 北京大学化学与分子工程学院 学士
2010.9-2015.6 北京大学化学与分子工程学院 博士
工作经历
2015.6-2016.8 哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所 博士后
2016.8-2017.7 Genefirst Ltd UK 高级科学家
2017.7-2020.3 牛津大学Nuffield医学院Ludwig癌症研究所 博士后
2020.3-2020.10 Base Genomics Ltd 共同创始人
2020.10-2022.8 Exact Sciences Associate director
2022.10-至今 金沙9170登录线路 教授 泰康生命医学中心PI
研究方向
DNA甲基化作为表观遗传学的重要现象之一，在胚胎发育等生命过程中起着重要的调控作用，并且与癌症等多种疾病密切相关。传统的亚硫酸氢钠测序法(BS-Seq)是目前DNA甲基化检测的金标准，然而其缺点也十分突出，比如剧烈的反应条件损伤DNA、转化后序列的复杂性差降低覆盖率。我的研究兴趣是采用化学和生物化学的方法开发针对DNA甲基化分析的新技术，应用于以癌症早筛为主的相关生物医学研究领域。例如TET酶氧化辅助的吡啶硼烷测序法(TAPS)，在测序起始量、测序成本和测序数据质量等方面都具有明显优势，有望替代BS-Seq成为DNA甲基化检测新的金标准，目前已经实现了商业转化。研究方向包括：
(1) 单细胞多组学方法用于癌症基础医学研究
(2) 基于异常DNA甲基化和羟甲基化检测的癌症早期诊断技术的开发
(3) 新型测序平台（例如第三代单分子长读长测序）在癌症诊断方面的应用
代表成果
(1) Yibin Liu, Paulina Siejka-Zielińska, Gergana Velikova, Ying Bi, Fang Yuan, Marketa Tomkova, Chunsen Bai, Lei Chen, Benjamin Schuster-Böckler, Chun-Xiao Song. Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution. Nature biotechnology, 2019, 37, 424-429
(2) Yibin Liu, Chen Song, Ioannis Ladas, Mariana Fitarelli-Kiehl, G Mike Makrigiorgos. Methylation-sensitive enrichment of minor DNA alleles using a double-strand DNA-specific nuclease. Nucleic acids research, 2017, 45, e39
(3) Yibin Liu, Zhiyuan Hu, Jingfei Cheng, Paulina Siejka-Zielińska, Jinfeng Chen, Masato Inoue, Ahmed Ashour Ahmed, Chun-Xiao Song. Subtraction-free and bisulfite-free specific sequencing of 5-methylcytosine and its oxidized derivatives at base resolution. Nature communications, 2021, 12, 618
(4) Yibin Liu, Jingfei Cheng, Paulina Siejka-Zielińska, Carika Weldon, Hannah Roberts, Maria Lopopolo, Andrea Magri, Valentina D’Arienzo, James M Harris, Jane A McKeating, Chun-Xiao Song. Accurate targeted long-read DNA methylation and hydroxymethylation sequencing with TAPS. Genome biology, 2020, 21, 54
(5) Yibin Liu, Junqiu Zhai, Shan Huang, Simin Fang, Meiping Zhao. Construction of Antibody-like Nanoparticles for Selective Protein Sequestration in Living Cells. Construction of antibody-like nanoparticles for selective protein sequestration in living cells. Nanoscale, 2015, 7, 7162-7167
